至一九五八年，聖多馬堂第二任牧師兼校長黃羨雲法政牧師展開了艱鉅的牧養使命。黃法政在任期間所作的無私奉獻多不勝數，開辦七層大廈天台的幼稚園、識字班、少年團等，與聖多馬小學合辦認養兒童計劃，開辦童膳會前身的兒童營養餐等，由她一手開創的多項傳福音事工，在十多年間直接及間接地幫助了無數有需要的家庭。



【黃羨雲法政牧師】
　　時至一九六五年本堂落成，鮑彼得牧師亦接替黃法政主理堂務，其後於一九六六年開辦聖多馬堂幼稚園，令更多區內的幼兒可提早接受優質教育，進一步滿足區民在健康與教育兩方面的龐大需求。

在二零零五年，得到岑周艷女士與星展銀行的贊助，成立了聖多馬堂培訓教育基金，並邀請聖公會福利協會為本堂開辦一連串有關心理健康、親子關係、學童成長等的講座、工作坊和研究等，幫助深水埗區的家庭得到專業的指導。

　　經過多年努力，聖多馬堂多位牧者的帶領下，在深水埗石硤尾地區已超過半世紀，今天本堂的牧養工作繼續透過校學與社服機構的接觸來進入社區中，這些機構主要有聖多馬堂幼稚園、香港聖公會李嘉誠護理安老院、聖公會聖多馬小學、聖公會聖紀文小學、香港聖公會聖多馬幼兒中心（前身為聖多馬育嬰院）及女青年會雲華護理安老苑等，面對這些事工，本堂教友皆需更努力在信仰上的追求，讓他們都能得到適切的牧養，讓基督的愛在深水埗區得以散播。